<水槽実験棟>
水温を調節できる恒温水槽が大小２４面あります。主にウナギの種苗生産研究や、淡水魚類の基礎生態、生理研究に使用します。さらに、魚病研究用の防疫水槽実験室（恒温水槽８面）があります。部屋は殺菌や塩素消毒ができる構造になっています。また、排水は殺菌処理されます。

（水槽実験棟内部）

<ハウス加温棟>
ハウス加温棟は温水ボイラーで加温飼育でき、現在養鰻業で主流のハウス加温養鰻法に対応した研究のための飼育施設です。

（上：外観、下：内部）

<FRPタンク棟>
海水魚、淡水魚、甲殻類などを飼育する多目的な水槽実験棟です。鳥よけネットで囲まれており、小型の水槽は状況に応じて飼育水槽のレイアウトの変更や水槽の入れ替えが可能です。

（上：外観、下：内部）

<露地池>
アユ、ウナギなどの淡水養殖魚の飼育、トラフグなど遠州灘の魚、クロダイなど浜名湖の魚を飼育します。

<倉庫機械棟>
取水ポンプ、自家発電装置、受電室、タンク（海水、淡水、上水）などがあります。海水は１８０ｍ沖、水深５ｍより取水、淡水井戸は３４０ｍの深さより汲み上げています。なお、水槽からの排水は排水処理施設で浄化処理されます。